Histoire : Le black lagoon est un bateau où vit une équipe de 3 personnes, pirates dans l'âme. A notre époque, ces pirates sont plus des mercenaires à la recherche de divers boulots, et actuellement ils ont enlevé un simple salarié japonais, Rokuro Okajima, car il détient une disquette contenant des informations importantes pour les employeurs temporaires du black lagoon.
Même s'il ne doit pas tuer l'otage, l'équipage du black lagoon n'est pas très tendre avec Rokuro, surtout Levi, seule fille du groupe, véritable accroc à ses flingues et à la baguarre en général. Cependant, Rokuro va vite être surnommé Rock par le chef du groupe, Dutch. Rokuro veut retourner à sa vie de salarié, mais il va apprendre de la bouche même de son employeur par téléphone qu'il doit mourir pour le bien de la société. A bord du black lagoon, Rock décide de ne pas mourir et même d'aider les pirates, qui malgré leurs manières brutes lui semblent quand même assez sympathique.