Histoire : Le premier film était basé sur l'agent Kusanagi, ici c'est l'agent Batou, son collègue cyborg qui prend le rôle principal.
Peu de souvenirs lui reviennent, mais parmis eux, subsiste celui d'une femme. Batou n'a plus que son cerveau d'humain, le reste n'est que machine, as-t-il pour autant perdu son humanité ? D'ailleurs où se situe la frontière entre l'humain et le non-humain ?